Ngày 23/11/2015, Tổng Cục Thuế ban hành Công văn 4943/TCT-KK hướng dẫn về khai thuế và khai bổ sung hồ sơ khai thuế.
CV 4943 huong dan khai thue.doc
Theo đó, việc kê khai hóa đơn điều chỉnh được hướng dẫn như sau:
Khi người bán đã xuất hóa đơn, người mua đã nhận hàng và hai bên đã kê khai thuế giá trị gia tăng (GTGT). 
Sau đó, bên bán và bên mua phát hiện hàng hóa đã giao không đúng quy cách, chất lượng phải trả lại một phần hoặc toàn bộ, điều chỉnh giá trị hàng hóa bán ra thì phải lập hóa đơn trả lại hàng hoặc lập hóa đơn điều chỉnh theo quy định.
Căn cứ hóa đơn trả lại hoặc hóa đơn điều chỉnh thì tại kỳ tính thuế phát sinh hóa đơn trả lại hàng hoặc phát sinh hóa đơn điều chỉnh:
+ Bên bán kê khai điều chỉnh doanh số bán và thuế GTGT đầu ra.
+ Bên mua điều chỉnh doanh số mua và thuế GTGT đầu vào.
Ngoài ra, Công văn này còn hướng dẫn một số nội dung về khai thuế GTGT đối với dự án đầu tư, mẫu biểu hồ sơ khai bổ sung…